Proteger archivos constantemente usados en Linux, ¿cómo?

[Jorge Delgado]

Buenas, hasta hace poco estaba pensando que aparte de encriptar archivos
habría que hacer algo con los que se usan en todo momento.

Es decir, podría poner ejemplo Firefox (o iceweasel). Las contraseñas
guardadas, marcadores, etc, no los puedes encriptar mientras se usan, y
no resultaría beneficioso estar desencriptando y encriptando si te los
pueden robar mientras que los usas.

¿Alguien conoce alguna solución para proteger archivos en Linux y que a
la vez puedan ser usados por otros programas que elijas? O si no es esto
lo más parecido posible.

Muchas gracias por las molestias, saludos.